1.
メール設定チェックで容量オーバーしている様子はありませんか？
ぎりぎりだと、たまたま小さなメールは受信できて、普通の大きなメールが受信できないことがあります。
http://zenno.com/free_bbs/rJI-2_gY.php?n=1387&log=3

同じ理由からの質問ですが、最近「サーバ上にメッセージのコピーを残す」の設定もさわってはいませんか？
http://allabout.co.jp/computer/windows/closeup/CU20051004A/index.htm

2.
また、ちょっと違うかもしれませんが、
http://zenno.com/100_bbs/bb1.php?all=3737
＞詳しい送信時間と両者のアドレスを連絡ください。

不達だったメールの「アドレス+時間（秒まで）」のリスト（判明してる範囲）が必要になる可能性もあるかもと予想します。

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