サーバ上にメールを残すときの動作と同じような感じですかね。何かのバグか仕様か。アップデートはしてるんですよね？

ファイルメニューの「メール→サーバーから選んで受信」で受信済みのものだったら削除しちゃうか。
もしくはJavaScriptをONにしてhttp://support.justsystems.com/jp/app/servlet/product?pid=386にいって「障害承り窓口」で詳しいこと書いてログも添えて「バグです」とうったえてみるとか。
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ログ添えて詳しい人がいるShurikenのMLで聞いてみたり、
http://ml1.apex.co.jp/shuriken/index.html
メーラー変えるのも手かもしれませんね。

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