ちょっと頼りないめのticoですが、お困りの様子なのでお答えします。書いた以上のことは私はわからないので、これでうまくできない場合は他の方の回答をお待ち下さい。
telnet（コマンドプロンプトを使う）で削除出来るそうです。
以下のサイト（ぜんのさん以外のとこですが）を参考に。
http://www.bna-net.jp/help/faq_tips-mail_del.html

ただ、私は目的のメールが何番にあるのかをどうしたらわかるのかっていうのがわかりません。

http://www.atmarkit.co.jp/fnetwork/rensai/netpro07/pop3-commands.html
コマンドの一覧があって、メールを表示させられるらしいのですが、私が以前やってみた時は日本語は表示されなくてよくわかりませんでした。（わからない者が回答してすみません。）

nPOPで受信の一覧が出来なかった時、私はBeckyでサーバーから削除しましたが、Beckyは有料です。でもメールソフトとしては優良です。（笑）

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