こんにちは

サンダーバードの設定をPOP３で行ったか
IMAPで行ったかによりますが

POP3で設定した場合メールをサーバーから
パソコンへ移動するので正しい動作になります

POP3でも受信後にサーバーにメールを残す設定に変更すると
今後はサーバーにもローカルにもメールを保持できます

ローカルに移動したメールをサーバーに戻すのは
同じサンダーバードにIMAPでアカウント設定して
ローカルフォルダからサーバーのフォルダへ移動すれば
戻すことができると思いますが
自分では試したことが無いので
詳しくはサンダーバードのサポートへ

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