こんにちは

通常はアカウントの設定を削除しても
メールデータは残っていますから

例ですが（Win7）
C:\Users\PCのユーザ名\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\9nvxe7ua.default\Mail\msvx.zenno.net
みたいなフォルダになっていると思います
中身にファイルがある事を確認できたら

適当にPOPアカウントの設定をもう一度作成して
アカウントのサーバー設定の画面の下部にある
メッセージの保存先を先のフォルダを選択すれば
古いメッセージが扱えるようになるはずです。
IMAPフォルダへ移動すればサーバーにも同期されます
サーバー容量の事を考えて持ち出す必要が無い分は
ローカルフォルダに整理しておくと良いかと思います

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