こんにちは。自分もサンダーバードですが、
ツールからアカウント設定でサーバ設定を見ます。
ダウンロード後もサーバにメッセージを残す、の項目があります。
これをチェックして残せます。あとの項目はお好みで。
ただしこれからで、過去のメールはサーバーに戻すことは出来ないはずです。
通常の設定では受信したメールはサーバー上から消去しますので。

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